При 100% заполненности диска автоматическое увеличение раздела может не сработать, в этом случае необходимо увеличить раздел и ФС вручную:
fdisk --wipe never /dev/vda
d
2
n
p
<трижды согласиться с умолчанием>
w
ВАЖНО: В новых версиях fdisk вы получите дополнительный вопрос: "Do you want to remove the signature?", отвечайте на него отрицательно: n.
перезагружаем сервер
resize2fs /dev/vda2
Update:
Для перечитывания таблицы разделов без перезагрузки можно использовать утилиту partprobe из пакета parted.
apt-get install parted
partprobe /dev/vda